Este Departamento es responsable del coordinar los servicios médicos en la Institución, está apoyado por tres enfermeras, una para cada sección, responsabilizándose de la atención de casos de enfermedad de alumnos y del personal que labora en el Colegio. De igual manera controlará la salud colectiva mediante el uso actualizado de expedientes clínicos de todos y cada uno de los que conforman la comunidad educativa. El elemento de apoyo estará a cargo de la atención de casos de medicina asistencial inmediata y de las tareas que la coordinación establezca.
Cuenta con una enfermería en cada una de las secciones y un consultorio médico. Apoya en las misiones y en la recaudación de medicamentos para las mismas en Guerrero, Oaxaca, Estado de México y Cuba.